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微生物實驗室的組成主要有：準(zhǔn)備室、微生物培養(yǎng)室、器械消毒及清洗室、純水室、檢測室、菌種室、儲藏室等。

微生物實驗根據(jù)工作領(lǐng)域（食品、藥品、醫(yī)療等）和性質(zhì)（教學(xué)、生產(chǎn)、研究、檢測等）的不同，實驗室組成和規(guī)模有很大差別。

實驗室應(yīng)設(shè)置成單獨的區(qū)域，與其它實驗室分開，門口設(shè)有門禁，非相關(guān)人員不得進入，各室根據(jù)工作內(nèi)容合理布局，既方便工作又不互相影響。

入口處設(shè)置集中式更間，培養(yǎng)室根據(jù)培養(yǎng)條件和種類不同可設(shè)置多間（如霉菌培養(yǎng)室、細(xì)菌培養(yǎng)室、固體培養(yǎng)室、液體培養(yǎng)室等）。

應(yīng)自成一區(qū)，安排在實驗室的靠邊角落處，用密封門控制人員的進出，把有潔凈要求的房間設(shè)置在人員干擾較少的地方，把輔助房間設(shè)置在外部。考慮微生物實驗操作流程，方便人流與物流的份額里。為控制人員的出入（人流），只設(shè)有一個密封門進入微生物實驗室主潔凈區(qū)，操作人員進入走廊然后進入準(zhǔn)備間，并從準(zhǔn)備間分別經(jīng)過一更、二更、緩沖進入操作區(qū)。物流則由傳遞窗實現(xiàn)。排風(fēng)口裝有高效過濾器，送風(fēng)口裝有高效過濾靜壓箱，室內(nèi)送排風(fēng)槽上送下排方式，室內(nèi)排風(fēng)單側(cè)布置，不得有障礙。余壓閥自動調(diào)節(jié)室內(nèi)壓力，保持正壓潔凈狀態(tài)。